Здание храма Благовещения Пресвятой Богородицы г. Екатеринодара было построено по благословению архиепископа Ставропольского и Екатеринодарского Агафодора (Преображенского).
Согласно историческим документам, здание храма и министерской школы (эллинское училище) было построено Эллинским благотворительным обществом в девяносто первом квартале г. Екатеринодара на углу улиц Соборной (в настоящее время ул. Ленина) 38 и Рашпилевской 40 [17, Л. 1; 15]. Руководил строительством крупный городской общественный деятель, учредитель общества Е.Е. Никифораки [19, с. 3].
После окончания строительства и освящения (24 декабря 1906 г.) храм получил наименование «Эллинской Благовещенской церкви».
К сожалению, имя архитектора до сих пор остается неизвестным.
Согласно данным профессора А.В. Титова и кубанских краеведов В.П. Бардадыма и А.А. Красненко здание храмового комплекса было построено в «псевдорусском» стиле с элементами романского [16, Л. 3, 4].
Из клировой ведомости 1913 г. известно, что комплекс состоял из двух основных частей: домового храма в честь Благовещения Пресвятой Богородицы на втором этаже, и двухклассной смешанной школы министерства народного просвещения, совмещенной с церковно-приходской, на первом этаже. По штату при храме находился один священник с помощником и псаломщик. Священник проживал в квартире, предоставляемой ему обществом [11, Л. 266]. Стоит отметить, что министерская школа являлась значимым образовательным центром греческой диаспоры и фиксировалась в документах под названием «греческой» [10, Л. 79, 80об]. С 1909 г. старостой храма был крупный домовладелец и городской коммерсант Феодор Акритас [14, Л. 204об-205].
Первым настоятелем Благовещенского храма 21 декабря 1906 г. был назначен выпускник Московской Духовной Академии кандидат богословия священник Савва Тсолакис.
В 1913 г. штат был увеличен за счет открытия вакансии помощника настоятеля. 31 октября эту должность занял второй священник Константин Феодориди и служил до 1919 г., когда его сменил иеромонах Парфений (Монариди) [2, Л. 3об].
Известно, что 29 декабря 1919 г. в храме совершил Божественную Литургию и панихиду по Панагиоту Филипповичу Акритасу, крупному домовладельцу, городскому коммерсанту, и старосте означенного храма, выдающийся архиерей митрополит Киевский и Галицкий Антоний (Храповицкий), временно управлявший Кубанской епархией [20, с. 11].
В 1920 г. греческий консул направил ходатайство митрополиту Антонию о награждении настоятеля Благовещенского храма отца Саввы Тсолокис саном протоирея, в котором он писал: «Во внимание долголетней службе, полезным трудам и примерному пастырскому служению церкви Христовой священника Екатеринодарской Греческой Православной церкви отца Саввы Тсолакис, выразившихся в назидательных поучениях к своим пасомым, а так же в твердом водительстве верных его попечению чад в духе христианской любви и преданности церкви Христовой, ограждая своих чад от всесторонних политических течений в столь тяжёлое время. Желая отметить и вознаградить высоконравственные порыв его, почтительнейше прошу Вас Высокопреосвященство, милостивого Архипастыря и Отца не отказать в Вашем Святительском благословении и наградить отца Саввву Тсолакис (кандидата богословия) саном протоирея…». На это прошение последовала резолюция: «хотя протоирей Савва Тсолакис протоиерейского сана достоин, по закону определено прежде награждать крестом (наперсным)» [4, Л. 6об].
Затянувшаяся гражданская война на Кубани завершилась захватом власти большевиками. Практически сразу после перехода г. Екатеринодара в руки большевиков в стенах школы была размещена служба снабжения IX армии. В ордере от 14 апреля 1920 г. за № 283 на имя начальника снабжения IX армии сказано, что управление имеет право занять помещения греческой школы, находящейся на углу Рашпилевской и Соборной [8, Л. 25].
В этот период в составе клира произошли перемены. 29 октября 1921 г. настоятель храма протоиерей Савва Тсолакис направил епископу Кубанскому и Черноморскому Иоанну (Левицкому) прошение о переводе в Батумскую епархию.
Однако вернуться назад отцу Савве не пришлось, поэтому Кубано-Черноморское епархиальное управление постановлением от 23 апреля 1923 г. утвердило настоятелем храма иеромонаха Парфения, а отец Савва был отчислен от места за долгим отсутствием [2, Л. 2].
После окончания гражданской войны на Кубани и установления советской власти постепенно начали проводиться в жизнь планомерные мероприятия по закрытию храмов и изъятию церковных ценностей.
Согласно историческим документам к этому времени Благовещенский храм утратил статус домового, попав в разряд самостоятельного прихода. В списке храмов г. Краснодара, составленном 8 мая 1922 г. Кубанской епархиальной канцелярией по поручению Кубано-Черноморской областной комиссии по изъятию церковных ценностей, указана самостоятельная приходская «Благовещенская церковь Эллинского благотворительного общества» [7, Л. 145-145об]. Приходской статус храма так же отражен на карте г. Краснодара, составленной до 1928 г. [17, Л. 1]
В мае 1922 г. под видом помощи голодающим Поволжья происходит разграбление Кубанских храмов. 13 мая 1922 г. в 12 часов дня Кубано-Черноморская областная комиссия по изъятию церковных ценностей в присутствии председателя политотдела Бессмертного, представителя приходского совета иеромонаха Парфения произвела изъятие церковных ценностей из Благовещенского храма г. Краснодара.
Спустя два года 14 февраля 1924 г. иеромонах Парфений (Монариди) обратился в Кубано-Черноморское епархиальное управление с просьбой об увольнении за штат по случаю отъезда за границу [5, Л. 3]. В это же день обновленческим архиепископом Кубанским и Черноморским Михаилом (Орлинским) на должность настоятеля был назначен священник Панаёт Папандопола, 31 мая 1925 г. возведенный в Екатерининском соборе в сан архимандрита [3, Л. 1, 2].
В 1930 г. архимандрит Панаёт обратился к управляющему епархией с просьбой освободить его от занимаемой должности, разрешить выезд в Грецию и выдать документы о беспорочной службе. К этому времени приход храма Благовещения насчитывал до двух сот семей прихожан, по сведениям самого архимандрита [3, Л. 8, 13].
По сохранившимся архивным данным уже с 1927 г. часть храмового комплекса занимала школа первой ступени ФЗС [9, Л. 195, 196] (аудитории училища и церковно-приходской школы). Вероятно, после отъезда последнего настоятеля в Грецию храм был закрыт и полностью передан занимавшей часть здания школе ФЗС.
После закрытия началось планомерное разрушение внутренних интерьеров храма, его убранства. Были уничтожены купол и свод, роспись, иконостас, произведены существенные перестройки внутренних помещений храма и церковно-приходской школы.
После Великой Отечественной войны в комплексе Благовещенского храма размещалась школа № 38, а немного позже начальная школа № 49. На месте алтаря была устроена сцена, на которой производились различные театрализованные представления. В 1969 г. исполнительный комитет Краснодарского городского совета депутатов трудящихся передал здание начальной школы № 49 Краснодарскому медицинскому училищу во временное пользование до окончания строительства здания этого училища. В 1982 г. в стенах Благовещенского храма разместили краевую санитарно-эпидемиологическую станцию. Здание претерпело последнюю реконструкцию [18, Л. 13]. В 2000-х гг. в здании размещалось Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия по Краснодарскому краю.
В 2015 г. часть помещений храма Благовещения Пресвятой Богородицы была передана Екатеринодарской епархии Русской Православной Церкви. Указом митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора настоятелем храма был назначен иерей Андрей Небавский.
В 2016 году по благословению митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора в помещениях Благовещенского храма было открыто подворье женского монастыря в честь иконы Божией Матери «Нерушимая стена» г. Апшеронска.
9 марта 2019 года Указом митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора настоятелем храма Благовещения Пресвятой Богородицы назначен протоиерей Иоанн Козак.
Так спустя много лет храм вновь открыл свои двери для Екатеринодарцев, хотя и не в своем былом величии и красоте, которую еще предстоит восстановить с Божией помощью.